Hanks kết hôn với nữ diễn viên người Mỹ Samantha Lewes (Susan Jane Dillingham) từ năm 1978 đến năm 1987. Họ có hai người con là Colin Hanks (cũng là diễn viên) và Elizabeth Ann. Năm 1988, Hanks kết hôn với nữ diễn viên Rita Wilson. Cả hai lần đầu tiên gặp trong chương trình truyền hình của Hanks Bosom Buddies sau đó mối tình lãng mạn của họ phát triển khi làm việc trong phim Volunteers. Họ có hai con trai: Chester, còn gọi là "Chet" (người đóng 1 vai nhỏ là cậu sinh viên trong phim Indiana Jones and the Kingdom of the Crystal Skull), và Truman. Vào tháng 1 năm 2011, Chet học năm thứ 2 tại Đại học Northwestern, đã nhận được sự chú ý của phương tiện truyền thông cho phát hành đĩa đơn nhạc rap của anh, "White and Purple" (Northwestern thu âm lại).

Hanks là người cải theo đạo Chính thống giáo Hy Lạp.[4] Về quan điểm tôn giáo của mình, Hanks đã nói: "Tôi phải nói rằng khi tôi đi nhà thờ - và tôi cũng có đến nhà thờ - Tôi suy nghĩ về sự huyền diệu, và về các lý do 'tại sao?' chẳng hạn như 'Tại sao người ta lại là như vậy' và 'Tại sao những điều xấu xảy ra với những người tốt, còn những điều tốt đẹp lại xảy ra cho những người xấu'... Tôi nghĩ rằng những bí ẩn như thế, gần như là lý thuyết thống nhất toàn nhân loại."[5]

Ngày 12 tháng 3 năm 2020, ông trở thành nhân vật nổi tiếng đầu tiên của Hollywood dương tính với COVID-19.[6]